Наиболее раннее свидетельство о Енине (Генине) дают писцовые книги Серпуховского уезда от 1627 г. как о владении Богородицерождественского Пафнутьева Боровского монастыря – сельце Борисоглебское Енино тож, где «бывал храм Бориса и Глеба развалился». Около 1672 г. на данном месте «прибыла» новая церковь того же посвящения, храм этот был деревянный. В сентябре 1712 г. московским Патриаршим приказом архимандриту Пафнутьева монастыря Серапиону велено освятить «новоприрубленный» к нему алтарь. Соседство с дремучими приокскими лесами несло 
опасности и невзгоды для села: под 5 мая 1756 г., как доносил в столицу боровский архимандрит Митрофан Шеинков, в Енино «приехав воровские люди разбойнически в дом к пономарю Ивану Васильеву, и двор его и церковь Божию во имя свв. благоверных князей Бориса и Глеба зажгли и от того пожара сгорело семь дворов крестьянских и оная церковь». Но иконы, книги, ризы, богослужебную утварь и антиминс тогда удалось спасти. 13 марта 1757 г. церковным начальством разрешено было возобновить Борисо-Глебский храм; в новом здании он простоял до 1820-х гг. Ризничная опись села Енино 1821 г. производит смешанное впечатление скудости и богатства: убранство исключительно скромное даже для сельского храма – одежды жертвенника ситцевые, одна из священнических риз и стихарь набивного холста; однако в церковной библиотеке – редкостный Шестоднев 1663 г. издания. Царские врата и образа иконостаса были выполнены в необычной для местного края технике резьбы по левкасу. Являясь тогда уже более полувека приходской, церковь в Енино помнила своё монастырское прошлое: в местном ряду её иконостаса стояла икона преподобного Пафнутия.
За начало XIXв. приход села Енино, куда входили деревни Никифорово и Жидовиново (ныне Родники), увеличился почти вдвое; в 1790 г. в нём числилось 49 дворов, а в 1823 – 89. В 1823 г. в селе уже строилась на средства прихожан каменная церковь свв. Бориса и Глеба. В храме существовало еще два придела, южный – святителя Николая и северный – преподобного Пафнутия Боровского, которые все были освящены в 1828г. Одновременно с храмом построена и колокольня. Церковь села Енино – хороший образец провинциального ампира. Храм стоит на взгорье, у края заповедного леса. Щипцовые завершения фасадов четверика зрительно возвышают венчающую его ротонду. Размеренные проёмы окон, дверей и пролётов колокольни сообщают всему телу здания особую лёгкость.
В середине XIX в. к приходу села Енино какое-то время была приписана Троицкая церковь в селе Лужки. В 1863 г. трапезная и пристроенные к ней приделы отапливались; около 1903 г. во всём храме устроено духовое отопление.
В советское время православная община села Енина, наряду с сопредельными ему приходами Игумнова и Турова отличалась активностью и волей к жизни: например, в 1933 г. члены церковного совета подали в область жалобу на запрещение местными властями колокольного звона. Однако к концу 1930-х гг. храм был уже закрыт. Его здание использовалось как зерносклад, пекарня; позднее подверглось запустению. С 1999 г. оно возвращено Русской Православной Церкви. К 2012 году храм, благодаря попечению благотворителей Виталия Бриль и Ольги Борисовой, полностью восстановлен и расписан.
Из книги «Храмы Серпуховского благочиния» , Часть вторая, Тула 2013.